Під біологічним забрудненням розуміють привнесення в екосистеми внаслідок антропогенного впливу нехарактерних для них видів живих організмів (бактерій, вірусів тощо), що погіршують умови існування природних біотичних угруповань або негативно впливають на здоров'я людини. Основними джерелами біологічного впливу є стічні води підприємств харчової і шкіряної промисловості, побутові та промислові звалища, каналізаційна мережа, поля зрошування тощо. З цих джерел різноманітні органічні сполуки і патогенні мікроорганізми потрапляють у ґрунт, гірські породи і підземні води. За даними санепідемстанцій, патогенні кишкові палички можуть знаходитися в підземних водах на глибині до 300 м від поверхні землі. Особливу небезпеку становить біологічне забруднення середовища збудниками інфекційних і паразитарних хвороб.
Значні зміни навколишнього середовища внаслідок антропогенного впливу призводять до непередбачуваних наслідків у поведінці популяцій збудників і переносників небезпечних для людини і тварин хвороб. Збільшується кількість спалахів класичної чуми у свиней, віспи у овець, кліщового енцефаліту і геморрагічної лихоманки серед людей.
У ситуації, що склалася, поява СНІДу — це лише перша ланка в ланцюгу можливих епідемій невідомих раніше захворювань. Цитомегалавірус, що не представляв значної небезпеки ще кілька років тому, може стати головною загрозою у зв'язку з трансплантаціями органів і тканин, а також як опортуністична інфекція при СНІДі. Вельми небезпечні також вірус лихоманки Чикунгунья, вірус геморрагічної лихоманки з ниркоподібним синдромом (вірус «Хантаан») та інші, знищення яких пов'язане із значними труднощами.
Отримані в останні роки дані дозволяють говорити про актуальність і багатогранність проблеми біобезпеки. Так, нова екологічна небезпека створюється у зв'язку з розвитком біотехнології і генної інженерії. При недотриманні санітарних норм можливе потрапляння з лабораторії або заводу у навколишнє природне середовище мікроорганізмів і біологічних речовин, що дуже шкідливо впливають на біотичні угруповання, здоров'я людини і його генофонд.
Крім генно-інженерних аспектів, серед актуальних питань біобезпеки, що мають важливе значення для збереження біорізноманіття, виділяють також:
· перенесення генетичної інформації від домашніх форм до диких видів;
· генетичний обмін між дикими видами і підвидами, у тому числі ризик генетичного забруднення генофонду рідкісних і зникаючих видів;
· генетичні і екологічні наслідки навмисної і ненавмисної інтродукції тварин і рослин.
